Antoine Limasset

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Chargé de recherche CNRS · CRIStAL · Université de Lille
Équipe Bonsai — Algorithmes et structures de données pour l’analyse de séquences

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Présentation

Je suis chargé de recherche CNRS dans l’équipe Bonsai du laboratoire CRIStAL, à l’Université de Lille. Je conçois des algorithmes et des structures de données pour analyser de grandes collections de séquences génomiques et transcriptomiques, à l’interface entre informatique théorique et bioinformatique.

Mes travaux portent sur l’indexation de séquences, les représentations compactes de k-mers, la compression, les méthodes d’esquisse et la correction des erreurs de séquençage. Je développe des logiciels libres pour réduire les besoins en mémoire et en calcul de l’analyse de séquences à grande échelle.

J’ai obtenu mon habilitation à diriger des recherches (HDR) à l’Université de Lille en septembre 2025.

Publications

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2026

• ZOR Filters: Fast and Smaller Than Fuse Filters
  24th International Symposium on Experimental Algorithms (SEA 2026), LIPIcs 371, 24:1–24:17. Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik.

• Compressed inverted indexes for scalable sequence similarity
  RECOMB 2026. Texte disponible : prépublication bioRxiv, déposée en 2025.

• Minimizer Density revisited: Models and Multiminimizers
  RECOMB 2026. Texte disponible : prépublication bioRxiv, déposée en 2025.

• Super Bloom: Fast and precise filter for streaming k-mer queries
  RECOMB-Seq 2026 ; prépublication bioRxiv.

• Accelerating k-mer-based sequence filtering
  Peer Community Journal, 6, e55.

2025

• Inverted colored de Bruijn Graph for practical kmer sets storage
  bioRxiv, prépublication.

• Fractional hitting sets for efficient multiset sketching
  Algorithms for Molecular Biology, 20 (1), 1.

• REINDEER2: Practical Abundance Index at Scale
  String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2025), Lecture Notes in Computer Science 16073, 156–171. Springer Nature.

• OReO: optimizing read order for practical compression
  Bioinformatics Advances, 5 (1), vbaf128.

• K2R: Tinted de Bruijn graphs implementation for efficient read extraction from sequencing datasets
  Bioinformatics Advances, 5 (1), vbaf111.

• Hyper-k-mers: Efficient Streaming k-mers Representation
  Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2025), Lecture Notes in Computer Science 15647, 330–335. Springer Nature.

2024

• Automated evaluation of multiple sequence alignment methods to handle third generation sequencing errors
  PeerJ, 12, e17731.

• Conway–Bromage–Lyndon (CBL): an exact, dynamic representation of k-mer sets
  Bioinformatics, 40 (Suppl. 1), i48–i57.

• Brisk: Exact resource-efficient dictionary for k-mers
  bioRxiv, prépublication.

• Evaluating k-mer Transformations for Cache Coherence and Uniformity
  Zenodo, prépublication.

2023

• Locality-preserving minimal perfect hashing of k-mers
  Bioinformatics, 39 (Suppl. 1), i534–i543.

• Scalable sequence database search using partitioned aggregated Bloom comb trees
  Bioinformatics, 39 (Suppl. 1), i252–i259.

• Fractional Hitting Sets for Efficient and Lightweight Genomic Data Sketching
  23rd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2023), LIPIcs 273, 15:1–15:27. Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik.

2022

• Toward Optimal Fingerprint Indexing for Large Scale Genomics
  22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022), LIPIcs 242, 25:1–25:15. Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik.

2021

• BLight: efficient exact associative structure for k-mers
  Bioinformatics, 37 (18), 2858–2865.

• Scalable long read self-correction and assembly polishing with multiple sequence alignment
  Scientific Reports, 11 (1), 761.

2020

• Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs
  Bioinformatics, 36 (5), 1374–1381.

• ELECTOR: evaluator for long reads correction methods
  NAR Genomics and Bioinformatics, 2 (1), lqz015.

• A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in bioinformatics
  Discrete Applied Mathematics, 274, 92–102.

2019

• Read correction for non-uniform coverages
  bioRxiv, prépublication.

2017

• Fast and Scalable Minimal Perfect Hashing for Massive Key Sets
  16th International Symposium on Experimental Algorithms (SEA 2017), LIPIcs 75, 25:1–25:16. Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik.

2016

• Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
  Bioinformatics, 32 (12), i201–i208.

• Read mapping on de Bruijn graphs
  BMC Bioinformatics, 17 (1), 237.

• A Resource-frugal Probabilistic Dictionary and Applications in (Meta)Genomics
  Proceedings of the Prague Stringology Conference 2016, 85–98. Jan Holub and Jan Žďárek (eds.), Czech Technical University in Prague.

2015

• On the Representation of De Bruijn Graphs
  Journal of Computational Biology, 22 (5), 336–352.

2014

• On the Representation of de Bruijn Graphs
  Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2014), Lecture Notes in Computer Science 8394, 35–55. Springer.

Publications en collaboration

2022

• Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges
  Nature Methods, 19 (4), 429–440.

2021

• Chromosome-level genome assembly reveals homologous chromosomes and recombination in asexual rotifer Adineta vaga
  Science Advances, 7 (41), eabg4216.

• STRONG: metagenomics strain resolution on assembly graphs
  Genome Biology, 22 (1), 214.

Logiciels

Équipe et encadrement

Doctorants actuels

• Étienne Conchon-Kerjan — Directeur de thèse, depuis 2026.

• Yohan Hernandez-Courbevoie — Directeur de thèse, depuis 2024. Indexation de bases de données transcriptomiques globales.

• Timothé Rouzé — Co-encadrant de thèse, depuis 2023. Compression de grandes collections de données de séquençage.

Ingénieurs et postdoctorants

• Lucas Robidou — Ingénieur de recherche, encadrant, depuis 2026. Analyse de séquences génomiques à grande échelle.

• Florian Ingels — Postdoctorant, encadrant, 2025–2026. Schémas de minimiseurs.

Anciens doctorants et collaborateurs

• Léa Vandamme — Directeur de thèse, 2022–2025. Indexation de données de séquençage de troisième génération.

• Caleb Smith — Ingénieur, encadrant, 2023–2024. Compression de grandes collections de données de séquençage.

• Coralie Rohmer — Co-encadrant de thèse, 2019–2023. Algorithmes d’alignement multiple adaptés au séquençage de troisième génération.

Formation

• 2025 — Habilitation à diriger des recherches (HDR), Université de Lille. Soutenue le 4 septembre 2025.
• 2017 — Doctorat en informatique, Université de Rennes 1. Novel approaches for the exploitation of high throughput sequencing data. Sous la direction de Pierre Peterlongo et Dominique Lavenier ; soutenu le 12 juillet 2017.
• 2014 — Master en informatique, École normale supérieure de Rennes.
• 2012 — Licence en informatique, École normale supérieure de Cachan.

Expérience professionnelle

• Depuis 2018 — Chargé de recherche CNRS, équipe Bonsai, CRIStAL, Lille, France.
• 2017 — Chercheur postdoctoral, Université libre de Bruxelles, Belgique. Assemblage de novo de génomes hétérozygotes.

Financements

• 2026 — ANR PRC GRANDSMERS, responsable scientifique, environ 585 k€. Graph-based Research on Accurate Nucleotide Data via Scalable, Multi-scale, and Efficient RepresentationS.

• 2026 — ANR PRC PRO-K-MER, membre. PRObabilistic K-MERs for environmental sequence analysis.

• 2024 — MIC INSERM, responsable scientifique, 554 k€. Analyse efficace et évolutive du cancer par exploration transcriptomique avancée à grande échelle.

• 2024 — ANR Shannon x Cray, membre, 500 k€.

• 2021 — ANR JCJC, responsable scientifique, 227 k€. Adequate graph structures for third-generation sequencing data exploration.

• 2019 — Financement doctoral de la Région Hauts-de-France, responsable scientifique, 150 k€.

• CDP PIE — Protein-Interaction-Evolution — Initiative d’Excellence de l’Université de Lille. Financement total du projet : 1,5 M€ sur 4 ans, renouvelable.

Enseignement

• 2026 — Intervenant, EMBO Practical Course on Pangenomics, Naples, Italie.
• 2026 — Équipe pédagogique et organisation, Scalable Genomics and Pangenomics, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Royaume-Uni.
• 2020–2027 — Cours d’assemblage de génomes en master, France.
• 2019–2026 — Cours d’assemblage de génomes, atelier Evomics, République tchèque.
• 2023–2026 — Cours d’assemblage de génomes, CNRS Formation, France.
• 2015–2017 — Programmation fonctionnelle en licence, France.

Responsabilités scientifiques

Comités de conférences

• Comités de programme : RECOMB (2020–2026), ECCB/ISMB (2020–2026), SeqBim (2020–2025), ACM-BCB (2020–2024).
• Comité d’organisation : SPIRE (2021).

Évaluation d’articles

Nature Communications, Nature Methods, Genome Research, Genome Biology, Nucleic Acids Research, Bioinformatics, Scientific Reports et autres revues et conférences.

Jurys et comités de thèse

• Nastasija Mijovic — Comité de thèse, 2023–2025.
• Riku Walve — Examinateur, 2022.
• Svitlana Lukicheva — Jury de thèse, 2021.
• Théo Lemane — Comité de thèse, 2020–2021.
• Nadege Guiglielmoni — Comité de thèse, 2019–2020.

Conférences et présentations

• 2026 — Conférence invitée, JC2B — Junior Conference on Computational Biology, Gif-sur-Yvette, France.

• 2026 — RECOMB et RECOMB-Seq, Thessalonique, Grèce.

• 2024 — EMBL-EBI K-mer/sequence indexing workshop, Cambridge, Royaume-Uni.

• 2024 — Kmer days, Dijon, France.

• 2023 — ISMB, Lyon, France.

• 2022 — RECOMB, San Diego, États-Unis.

• 2022 — DSB, Düsseldorf, Allemagne.

• 2022 — TUDASTIC, Lille, France.

• 2022 — Réunion de lancement de Genopim, Rennes, France.

• 2021 — Kmer days, Marville, France.

• 2019 — Biata, Saint-Pétersbourg, Russie.

• 2018 — RECOMB, Paris, France.

Contact

Antoine Limasset
CRIStAL (UMR 9189), Université de Lille
Bâtiment ESPRIT, 59655 Villeneuve-d’Ascq, France

antoine.limasset@univ-lille.fr · antoine.limasset@cnrs.fr